Пас аз хатми донишгоҳ фаъолияти меҳнатии худро ҳамчун ассистенти кафедраи таҳлили иқтисодӣ ва аудит оғоз намуда, дар муддати кӯтоҳ бо донишу маҳорати касбӣ ва қобилияти баланди ташкилотчигӣ дар зинаҳои гуногуни роҳбарии донишгоҳ фаъолият кард. Ӯ солҳои 2005–2009 муовини декан оид ба илм ва тарбия, солҳои 2009–2013 муовини декан оид ба таълим, баъдан иҷрокунандаи вазифаи мудири кафедра, мудири кафедраи таҳлили иқтисодӣ ва аудит ва мудири кафедраи баҳисобгирии бухгалтерӣ буд. Соли 2019 директори Донишкадаи такмили ихтисоси омӯзгорон ва ҳамзамон декани факултети молиявию иқтисодии Донишгоҳи миллии Тоҷикистон таъйин гардид. Аз соли 2020 то соли 2024 вазифаи ректори Донишгоҳи миллии Тоҷикистонро ба уҳда дошта, дар рушди низоми таҳсилоти олӣ, баланд бардоштани сифати таълим, таҳкими заминаи моддию техникӣ ва густариши ҳамкориҳои байналмилалии донишгоҳ саҳми назаррас гузошт.
Хушвахтзода Қобилҷон 16 январи соли 2024 бо фармони Президенти Ҷумҳурии Тоҷикистон ба вазифаи Президенти Академияи миллии илмҳои Тоҷикистон таъйин гардид. Дар ин мақом фаъолияти ӯ ба таҳкими сиёсати давлатӣ дар соҳаи илм, дастгирии таҳқиқоти бунёдӣ ва амалӣ, рушди ҳамкориҳои байналмилалии илмӣ ва ҷалби ҷавонон ба фаъолияти тадқиқотӣ равона шудааст.
Фаъолияти илмии Қобилҷон Хушвахтзода бо масъалаҳои иқтисод, баҳисобгирии бухгалтерӣ, аудит ва рақобатпазирии истеҳсолоти кишоварзӣ алоқаманд мебошад. Соли 2010 рисолаи номзадии худро дар мавзӯи «Рақобатпазирии хоҷагиҳои деҳқонӣ (фермерӣ) дар иқтисодиёти серсохт (дар асоси маводи Ҷумҳурии Тоҷикистон)» ҳимоя кард. Соли 2019 бошад, рисолаи доктории худро дар мавзӯи «Конкурентоспособность сельскохозяйственного производства и её учётно-аналитические основы: теория, методология, организация (на материалах Республики Таджикистан)» дар заминаи Донишгоҳи миллии Қирғизистон ба номи Жусуп Баласагин ва Донишгоҳи славянии Русияву Қирғизистон дар шаҳри Бишкек бомуваффақият дифоъ намудааст. Тадқиқоти илмии ӯ ба такмили низоми баҳисобгирӣ ва таҳлили иқтисодӣ, баланд бардоштани рақобатпазирии истеҳсолоти кишоварзӣ ва истифодаи усулҳои муосири идоракунии иқтисодӣ равона гардидааст.
Бо эътирофи ҷомеаи илмӣ, соли 2024 Қобилҷон Хушвахтзода узви вобастаи Академияи миллии илмҳои Тоҷикистон ва соли 2025 академики Академияи миллии илмҳои Тоҷикистон интихоб гардид. Ӯ муаллифи зиёда аз 270 мақолаи илмӣ, беш аз 50 китоб, монография, дастури таълимӣ ва китобҳои дарсӣ буда, асарҳои илмии ӯ барои донишҷӯён, муҳаққиқон ва мутахассисони соҳаи иқтисод ҳамчун манбаи муҳими илмӣ истифода мешаванд.
Дар баробари фаъолияти илмӣ ва омӯзгорӣ, Қобилҷон Хушвахтзода дар ҳаёти сиёсиву ҷамъиятии кишвар низ фаъолона иштирок менамояд. Аз моҳи апрели соли 2025 вакили Маҷлиси миллии Маҷлиси Олии Ҷумҳурии Тоҷикистон (даъвати VII) ва ҳамзамон вакили Маҷлиси вакилони халқи шаҳри Душанбе мебошад. Ҳамчунин Раиси Кумитаи Маҷлиси миллӣ оид ба ҳамоҳангсозии фаъолияти Маҷлиси миллӣ бо Маҷлиси намояндагон, ҳокимияти иҷроия, иттиҳодияҳои ҷамъиятӣ, воситаҳои ахбори омма ва робитаҳои байнипарламентӣ интихоб гардидааст. Ӯ инчунин узви Раёсати Бонки миллии Тоҷикистон буда, дар баррасии масъалаҳои муҳими сиёсати иқтисодӣ ва молиявии кишвар саҳм мегузорад.
Хизматҳои арзандаи Қобилҷон Хушвахтзода дар рушди илму маориф ва идоракунии давлатӣ бо мукофотҳои давлатӣ ва соҳавӣ қадрдонӣ шудаанд. Ӯ соли 2023 бо Ордени «Шараф» дараҷаи II сарфароз гардида, ҳамчунин соҳиби Ҷоизаи Исмоили Сомонӣ, диплом ва ҷоизаи Академияи илмҳои Ҷумҳурии Тоҷикистон, нишони «Аълочии маорифи Тоҷикистон», нишони «Аълочии фарҳанги Тоҷикистон», нишони «Аълочии Телевизион ва радиои Тоҷикистон», нишони «Аълочии матбуоти Ҷумҳурии Тоҷикистон», Ифтихорномаи Ҳизби Халқии Демократии Тоҷикистон ва медали ҷашнии «30-солагии Ҳизби Халқии Демократии Тоҷикистон» мебошад.
