Академияи миллии илмҳои Тоҷикистон муассисаи олии илмии Ҷумҳурии Тоҷикистон буда, дар шаҳри Душанбе ҷойгир аст. Таърихи он аз моҳи январи соли 1933 оғоз мегардад, вақте ки Пойгоҳи Академияи илмҳои Иттиҳоди Шӯравӣ дар Тоҷикистон таъсис ёфт. Соли 1940 он ба Филиали Академияи илмҳои ИҶШС табдил ёфта, заминаи рушди илмҳои табиӣ ва гуманитариро дар кишвар фароҳам овард. Бо қарори расмӣ соли 1951 Академияи илмҳои ҶШС Тоҷикистон таъсис ёфт ва нахустин президенти он устод Садриддин Айнӣ интихоб гардид.
Имрӯз Академияи миллии илмҳои Тоҷикистон маркази асосии таҳқиқоти илмӣ дар кишвар буда, фаъолияти худро дар самтҳои илмҳои табиатшиносӣ, техникӣ, тиббӣ, биологӣ ва ҷамъиятшиносӣ амалӣ менамояд. Дар сохтори он шуъбаҳои илмӣ, институтҳои илмӣ-тадқиқотӣ, марказҳои илмӣ, филиали Помир, нашриёти «Дониш» ва Китобхонаи марказии илмӣ фаъолият мекунанд.
Бо мақсади мутобиқ намудани фаъолияти илмӣ ба талаботи замон, соли 2011 дар Академия ислоҳоти сохторӣ гузаронида шуда, як қатор институтҳо муттаҳид гардиданд. Ин тадбир ба баланд бардоштани самаранокии корҳои илмӣ-тадқиқотӣ мусоидат намуд.
АМИТ аз академикҳо, аъзои вобаста, аъзои фахрӣ ва аъзои хориҷӣ иборат буда, вазифаи асосии он рушди илм, дастгирии таҳқиқоти илмӣ, омода намудани кадрҳои баландихтисос ва татбиқи дастовардҳои илмӣ дар рушди иқтисод, фарҳанг ва ҷомеаи Тоҷикистон мебошад.
Аз 16 январи соли 2024 президенти Академияи миллии илмҳои Тоҷикистон Қобилҷон Хушвахтзода мебошад.